Одной из главных особенностей игры является совместное прохождение основной сюжетной кампании. Данная идея в стратегиях реального времени воплощена впервые. В случае одиночного прохождения, в каждой миссии даётся компьютер-союзник, который сам строит базу, атакует, и т. д. Чаще всего, столкнувшись с мощной защитой, он останавливается, предоставляя инициативу игроку. Компьютерному союзнику можно отдавать простые приказы — указывать цели для атаки или места для концентрации войск[1].

Также разработчики отошли от принципа «раша». В отличие от предыдущих игр серии, нельзя победить, построив большое количество однотипных сильных юнитов. Обычным солдатам отводится более значительная роль, чем, к примеру, в «Red Alert 2». Например, только советские солдаты могут быстро выгнать врага из занятого здания с помощью коктейлей Молотова, а щит миротворцев Союзников значительно увеличивает их выносливость.

Значительное внимание уделено сражениям на воде. Почти все постройки можно строить и на воде, и на суше, некоторые танки могут плавать, а корабли — передвигаться по суше[1].

Чтобы обезопасить рудокопов, создатели сделали обязательным создание перерабатывающих заводов непосредственно возле складов с рудой, хотя игрок имеет возможность посылать рудокопов в отдалённые склады.

У каждой стороны своя система строительства зданий. У Союзников, система является стандартной для серии «C&C» — каждое новое здание строится в «буфере», затем игрок выбирает место, в котором готовое здание появляется почти мгновенно. У СССР, строительство происходит на месте, и постройки являются довольно уязвимой мишенью для врага, но при строительстве крана появляется возможность строить несколько зданий одновременно и, кроме того, здания СССР строятся быстрее, потому что у Союзников уходит дополнительно около трёх секунд на «распаковку». Японцы «упаковывают» свои здания путём нанотехнологии в крайне уязвимые мобильные контейнеры, которые затем «распаковываются» на месте. Таким образом, японцы могут строить здания почти где угодно а также несколько зданий сразу.

Каждой из сторон доступны «геройские» юниты, особые возможности и специфические постройки, представляющие доступ к более совершенным технологиям. Новое вооружение становится доступным за счёт «единиц знаний», общее количество которых равно 10. Они начисляются по мере времени или по уровню индикатора опасности, который повышается в зависимости от потерь.